Na produção de queijo pode ser utilizado qualquer leite de um mamífero passível de ser ordenhado. É mais comum o uso do leite de cabra, de ovelha e de vaca. O tipo de leite utilizado vai ter uma influência significativa no queijo produzido uma vez que as suas características específicas vão determinar o sabor final do queijo.
A composição do leite varia significativamente entre espécies e indivíduos de uma mesma espécie. Também têm influência sobre a composição do leite outros factores como as condições climáticas e geológicas, já que determinam a forma como o animal é criado e alimentado, a saúde do animal e a fase de lactação.
São exemplos de queijos feitos a partir do leite de cabra o Pur Chévre, Bougon e Queijo de Cabra Transmontana, de queijos feitos a partir do leite de ovelha o Azeitão, Serra da Estrela e Castelo Branco e de queijos feitos a partir do leite de vaca o Brie, Mussarela, Gorgonzola, Parmesão e Pico.